入手した刀剣男士を編成し、最大6人からなる部隊を「結成」しましょう。
部隊は最初は第1部隊しか持てませんが、特定の任務を達成することで最大4つまで部隊を持つことが可能となります。

各部隊の「1」番目に配置された刀剣は「部隊長」と呼び、戦闘時には重要な役割を果たします。
中でも第1部隊の部隊長は「近侍」として本丸に登場します。